88区切られていたトルデシーリャス条約の境界線を越えて、ポルトガル人が西方へ向けて植民を進めていくことになる。十七世紀初頭には、一六一五年サンルイス市、一六一六年ベレン市が相次いで創設され、パラとマラニャンの実質的な植民活動が開始される。スペインのフェリペ三世が没した一六二一年にはパラ・カピタニアをブラジル総督府（Governo Geral do Brasil）下のカピタン・モールが統治することとなるが、フェリペ四世は六月十三日の書簡によって、パラ・カピタニアとマラニャン・カピタニアを統合し、ブラジル総督府から切り離して、マラニャン管轄区を創設する。一六四〇年十二月一日にポルトガルの再独立が実現し、ジョアン四世によってアマゾンの植民活動は新しい段階に入った。一六五二年二月二十三日には、パラ・カピタニアを分離し、マラニャン管轄区を廃止し、二つの独立したカピタニアとしたが、これは失敗であると判断された。一六五四年には一六二一年の状態に戻して、両カピタニアを統合し、再びマラニャン管轄区として、これ以降百年間、サンルイス市を中心に機能させた。一七五〇年のマドリッド条約でアマゾン河口以西が正式にポルトガル領と認められるに及んで、一七五一年九月二四日、マラニャン管轄区の主都をサンルイス市からベレン市に移し、名称をグラン・パラ・マラニャン植民地（管轄区）に改め、その総督にポンバル侯の異父兄弟フランシスコ・シャヴィエル・デ・メンドンサ・フルタードが任命された（任期 一七五一年九月二十四日―一九五九年三月二日）。彼は先住民解放令の施行やグラン・パラ・マラニャン特許会社の設立、運営など、積極的なアマゾン開発に着手した。もっとも就任当初には経済組織は停滞を強いられ、アマゾン地方は未だ悲惨な土地とされていた。一七五一年の報告では、「パラとアマゾンには六十三のアルデイア（小さな集落）があったが、すべて無人できわめて不安定な状態であった（Dias 1982:251）」とあり、流行病がグラン・パラ・マラニャン植民地を無人とさせながら多くの人命を奪っていた。一七五二年十二月十一日に、グラン・パラ・マラニャン植民地下のマラニャン・カピタニア統領（Governador）が逝去、同十八日には同地の司教が亡くなり、当地はいわば「見捨てられた地」となっていた。パラ・カピタニアでも諸図3 18世紀アマゾン地方要塞、砦、昇格ヴィラ分布地図
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